| 科室 | 業務 | 電話 |
| 第一科 | 空氣污染防制及噪音振動管制等事項防制
(地址: 高雄市前金區中正四路211號4樓之1) | 211-0201 |
| 第二科 | 水污染、土壤及地下水污染防治、飲用水、毒性化學物質、環境用藥管理及毒化物災害防救等事項 | 337-3407 |
| 第三科 | 垃圾清除、溝渠清疏、街道清掃、水肥清運、公廁管理、環境消毒、病媒防治、垃圾分類與資源回收、廢車拖吊、作業機具與車輛裝備之規劃、購置管理及區清潔隊勤務督導等事項 | 337-3410 |
| 第四科 | 一般廢棄物處理計畫之研擬、處理場(廠)之設置、營運與督導、事業廢棄物管制及廢棄物處理隊督導等事項 | 337-3412 |
| 第五科 | 綜合規劃、研考、資訊管理、環境影響評估之審查監督、環境教育、公害糾紛、節能減碳、永續發展等 | 337-3414 |
| 第六科 | 空氣、噪音、水、廢棄物之污染及飲用水水質、環境衛生等稽查取締告發事項 | 337-3418 |
| 技術室 | 環境保護及公害防治之檢驗、監測、調查、及相關技術之研究發展
地址：高雄市苓雅區三多二路102號2樓 | 723-0392 |
| 人事室 | 依法辦理人事管理等事項 | 337-3419 |
| 會計室 | 依法辦理歲計、會計、統計等事項 | 337-3423 |
| 總務室 | 文書、檔案管理、印信、採購、出納、財產管理、工程發包、工務車輛管理 | 337-3428 |
| 政風室 | 依法辦理政風等事項 | 337-3421 |
| 勞安室 | 勞工安全衛生、常年教育及肇事車輛處理 | 337-3401 |
| 中區資源回收廠 | 焚化處理垃圾
地址：高雄市三民區鼎金一巷十五號 | 390-9400 |
| 南區資源回收廠 | 焚化處理垃圾
地址：高雄市小港區812北林路6號 | 806-9750 |
| 修車廠 | 各型環保車輛與機械設備之維修保養、檢驗、車材管理等事項
地址：小港區北林路6號 | 711-0562 |